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玉米油精炼主要是脱除杂质，使其符合油脂标准要求的玉米胚油脂，在制油过程中得到的出油，是含有其他一些杂质的甘油三酯的混合物。如浸出粗油，还含有微量溶剂，压榨法得到的粗油中的机械杂质，都需要将上述非甘油三酯成分除掉。
玉米油一定要经过沉淀、过滤、水化、脱臭等工序。有时还需要按要求进一步精炼，如碱炼、脱色、脱蜡和去除污染物处理等。特别是发现有污染时，一定要经过处理，以免对人体有害。
常规榨油机压榨、预榨-浸出、浸出的玉米胚油精制方法，CO2超临界流体萃取的玉米胚油，只要玉米胚新鲜、过氧化值和酸价值低、原料品相好，经超临界萃取脱CO2之后的玉米胚油，天然维生素E含量高，沉淀，过滤除去机械杂质之后，其他指标符合食用油指标要求，就可以作为成品油包装。如果水分含量高，可以通过干燥处理达到要求。这里的粗油精制主要以玉米油精炼重点阐述。
玉米油精炼工艺流程：
不论是采用榨油机压榨还是直接浸出和预榨浸出，其精炼油工艺所用的设备基本相同。
粗油|——一般精炼工艺——过滤——水化——脱臭 ——精炼玉米油
或者，粗油|——特殊精炼工艺(碱炼——脱色——脱蜡——去杂)——精炼玉米油
