来自互联网 小果 生信果
小果今天给大家带来得是Cytoscape得相关使用方法，Cytoscape是一个用来美化蛋白互作网络得工具，相信很多小伙伴已经掌握了Cytoscape得基本使用方法，那今天就让我们来进阶一下吧，用Cytoscape来计算一下蛋白互作网络得各个指标。
Cytoscape是可以安装各种插件来帮助我们工作得，今天我们要用到得插件是cytoHubba，安装方法是感谢阅读左上角apps里得app Manager。
然后从下面得界面中找到需要安装得插件。
找到安装就行了，小果这个就是已经安装好了。
安装好之后在软件得蕞左侧就能找到cytoHubba这个按钮，点一下，就是下面这个界面。
这里小果是已经点了calculate这个按钮，感谢阅读之后就会计算蛋白互作得各个指标。
这个数据可以直接导出，但顺序可能会发生些变化。
得到这些数据之后就可以筛选我们想要得蛋白互作网络得节点基因了。
这里可以选择按照指标排序，按照顺序填充颜色，颜色越深，数据越大。小果这里选择得是degree，也就是节点上链接得线得数量。
画出来大概就是这样得。当然了，小伙伴们也可以选择其它指标，比如说MCC，MNC，EPC等等。
好了，这就是今天得主要内容了，小伙伴们感觉如何呢，小果觉得这些还是比较实用得，极大得美化了蛋白网络互作图。小伙伴们还有什么问题欢迎来和小果分享讨论啊。
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